1999-ben ismét megnyertük a II. ligát, ezúttal Vladimír Rusnák edzővel. Egy év múlva ismét átszervezték a bajnokságot és a DAC kiesett, 2007-ig a második vonalban, 2007/08-ban a harmadikban szerepelt.
2008 májusában új tulajdonos került a klub élére és a szenci FC-vel kötött fúzió révén vissza került a Corgoň ligának nevezett élvonalba, míg a III. ligát nyert gárda B-csapat néven a második vonalban indult el – a klub története során első ízben voltunk képviselve a két legmagasabb bajnokságban. Négy idényt követően, 2012-ben csapatunk kiesett a Corgoň ligából, de a követekező idény végén ismét bajnoki címet ünnepelt a II. ligában. A 2013/14-es élvonalbeli idény téli szünetében ismét változás történt a tulajdonos személyében, a klub részvényeinek 80 százaléka Világi Oszkár kezébe került.

1987. A szlovák- és csehszlovák-kupagyőztes csapat aranybetűvel iratkozott be a klub krónikájába.